Nel 1797 napoleone Bonaparte occupò Venezia mettendo fine alla Serenissima Repubblica. Mestre diventò Comune.
Alla Caduta di Napoleone passò sotto il dominio austriaco per 34 anni.
Il 22 marzo 1848 Daniele Manin cacciò gli austriaci e proclamò la Repubblica; i soldati si impadronirono del Forte Marghera in mano agli austriaci. Il 18 giugno le truppe austriache rioccuparono Mestre, solo Venezia Resisteva contro l’Austria. Il 27 settembre 1848 fu tentata un’azione di forza per liberare Mestre: la famosa Sortita dal Forte Marghera. 2000 uomini uscirono dal Forte e e ricacciarono verso Mestre le truppe austriache; raggiunti da altri insorti che avevano liberato piazza Barche, si diressero sul Ponte della Campana e gli austriaci furono messi in fuga verso Treviso. L’effetto durò solo pochi giorni perché Mestre fu riconquistata e il Forte Marghera fu tenuto sotto assedio; i sopravvissuti si ritirarono a Venezia, che stremata si arrese agli austriaci e durissima fu la repressione.
Dopo l’annessione del Veneto al Regno d’Italia del 1866, Mestre rimase comune indipendente fino al 1926 quando divenne parte integrante del comune di Venezia.